Przestrzeń wystawiennicza podzielona została na dwie części: skrzydło wschodnie z wewnętrznym dziedzińcem, gdzie prezentowana jest wystawa „Kolekcja sztuki polskiej II połowy XX i XXI wieku”.

Układ ekspozycji stałej jest chronologiczno-tematyczny. Punktem wyjścia narracji wystawy są dzieła najwybitniejszych artystów okresu międzywojennego: Leona Chwistka, Stanisława Ignacego Witkiewicza oraz Władysław Strzemińskiego – prekursorów polskiej sztuki nowoczesnej po II wojnie światowej, których twórczość i teorie artystyczne (strefizm, teoria Czystej Formy, unizm) wywarły znaczący wpływ na polską sztukę XX wieku.

Kolejna część ekspozycji jest poświęcona I Wystawie Sztuki Nowoczesnej, którą otwarto w 1948 roku w Pałacu Sztuki w Krakowie. Było to jedno z najważniejszych wydarzeń artystycznych w powojennej Polsce. Ogólnopolska wystawa, przygotowana przez Klub Artystów z Tadeuszem Kantorem i Mieczysławem Porębskim na czele, prezentowała twórczość wpisującą się głównie w nurty abstrakcyjny i surrealistyczny, które czerpały z tradycji przedwojennej awangardy i nowinek z Europy Zachodniej.
Na wystawie obejrzeć można kilka wystawianych wówczas obiektów, między innymi Marii Jaremy, Tadeusza Kantora, Tadeusza Brzozowskiego i Mariana Szulca.

W następnej części wystawy można obejrzeć prace powstałe po 1949 roku, kiedy wprowadzono w Polsce doktrynę realizmu socjalistycznego. Narzucała ona artystom schematyczną kompozycję, programowy optymizm, a przede wszystkim zestaw obowiązujących tematów.

foto: Maria Jarema, Kompozycja 1955

Dalszy fragment ekspozycji poświęcony jest pamięci o okrucieństwie wojny i zbrodni Holokaustu, obecnej zarówno w sztuce tych, którzy byli ich świadkami: Waldemara Cwenarskiego, Aliny Szapocznikow, Andrzeja Wróblewskiego, Marka Oberländera, Józefa Szajny, Władysława Hasiora, jak i w świadomości artystów następnych pokoleń – Mirosława Bałki i Krzysztofa M. Bednarskiego.

W następnej części ekspozycji prezentujemy prace wybitnej rzeźbiarki Aliny Szapocznikow, prekursorek polskiej sztuki feministycznej Marii Pinińskiej-Bereś i Natalii Lach-Lachowicz oraz artystek intermedialnych Izabelli Gustowskiej, Katarzyny Kozyry i Joanny Rajkowskiej. Artystki te, poszukując nowych form wypowiedzi, badają aspekty cielesności i erotyki, sytuację kobiety w społeczeństwie oraz problemy intymności i przemijania.

Kolejna część wystawy jest poświęcona sztuce lat siedemdziesiątych i osiemdziesiątych XX wieku, kiedy większość twórców bojkotowała oficjalny obieg sztuki. Artyści związani z nurtem kultury niezależnej organizowali wystawy w kościołach i prywatnych mieszkaniach.

Stanisław Dróżdż, Klepsydra 1967

W ostatniej sali prezentowane są dzieła twórców kształtujących dzisiejsze oblicze polskiej sztuki. Są wśród nich Leon Tarasewicz, którego bliska abstrakcji sztuka wyrasta z fascynacji przyrodą, bogactwa zaczerpniętych z niej kolorystycznych i strukturalnych niuansów, oraz Lech Twardowski łączący ekspresję malarskiego gestu, energetycznej plamy barwnej z geometrycznym porządkiem wielkich przestrzennych form. Piotr Janas i Jakub Julian Ziółkowski podejmują interesujący dialog z przeszłością, łącząc współczesność z tradycją malarstwa materii, gestu i poetyką surrealizmu, całość zaś dopełniają prace Pawła Althamera

Jedyna w swoim rodzaju i największa w Polsce kolekcja prac wybitnej rzeźbiarki Magdaleny Abakanowicz zajmuje szczególne miejsce w zbiorach muzeum. Artystka w pierwszej połowie lat sześćdziesiątych zrewolucjonizowała myślenie o tkaninie, tworząc nowatorskie „miękkie rzeźby” wykonane z barwionego sizalu – od jej nazwiska zwane abakanami.